國內半導體制造產業面臨的物流困境有兩個基本原因，即關稅過高和產業缺乏整體規劃。減少來自物流等方面的"隱形"運作成本，需要形成高效的海關等政策機構的管理和合作模式。
設備和材料是半導體生產的支柱。晶圓廠投資的70%用在購買設備，而芯片生產線上會用到50多種特殊氣體和超過100種用于光刻、清洗等工藝的化學材料，其中許多材料屬于劇毒/危險化學品，大多數有特殊的運輸和存儲要求。對于投資動輒10億甚至幾十億美元的半導體晶圓生產線，維持生產線正常運作所需的零部件和材料必須能及時抵達生產現場，保證半導體生產廠的高產出和低運作成本。在SEMICONChina2006期間，如何在進出口、貨運和倉儲等方面做到高效的物流供應，特別是目前如何能夠保證Hynix無錫廠運行所需的及時高效的零部件和材料供應，成為許多國際和本土的半導體設備、零部件和材料供應商共同關心和探討的話題。
實際上Hynix無錫項目中的物流問題，近半年來一直是幾乎所有主要設備和材料供應商的一塊心病。原因很簡單，目前大多數設備材料供應商的保稅倉庫，以及相關配套的技術支持和服務設施都設在上海，而Hynix無錫位于面向出口型企業的出口加工保稅區內，雖然與上海的空間距離不足4個小時車程，但是等同于"境內關外"，半導體生產中所需的設備、材料、零部件甚至服務人員使用的工具，進入加工區都屬于出關，需要履行相關的海關手續。
例如供應商為關心的"跨關區"的貨物轉關和監管運輸中，必須履行的海關流程就遠不如想象中的那么簡單。將零部件從上海的外高橋保稅庫運往Hynix無錫保稅區，"出關""進關"需要無錫和上海兩地海關的協調工作，零部件 "保稅狀態"下的運送全程需要接受海關的監管。據了解，使用現行的申請、審批流程和監管運輸，零部件的供應時間超過7 2個小時，這與周邊亞洲國家或地區的平均4個小時的標準相比，有68個小時的差距。
建立保稅庫并非萬全之策
目前，海關、商檢和出口加工區等管理部門以及物流公司和Hynix及其供應商，已經在探討更為便捷和合理的跨關區物流操作模式，其中，由供應商在加工區內建立或使用保稅倉庫是提案之一。然而，許多供應商認為，區內保稅庫并不能從根本上解決問題，即使新的保稅庫滿足了90%的零部件供應需求，半導體制造中仍然會有5%-10%的零部件需要緊急從海外空運。對于一個月產能5萬片的晶圓生產廠，一個小時的產出價值在5萬美元左右，走同樣的出關入關手續，一次備件供應問題影響生產線的運行，損失就會在數百萬美元。
為應急而設立的保稅庫還需要儲備大量零部件，部件本身的成本和倉庫管理運作費用，還將成為供應商很大的負擔。據估計，這樣一個保稅庫將使零部件的成本提高10%左右。俗話說"羊毛出在羊身上"，供應商或許可以將這部分成本轉嫁到Hynix，但是長遠看，如果西安、成都、重慶等其他地區建立晶圓廠項目，也以建立配套的保稅倉庫來解決相似的物流瓶頸問題，國內整個產業終將無法承受運作的成本。
亟須高效的管理和合作模式
Hynix跨關區物流的實例，說明了國內半導體制造面臨的物流困境的兩個基本原因，即關稅過高和產業缺乏整體規劃。關稅過高以及鼓勵加工制造和出口的退稅優惠政策，使得供應商不得不設立保稅庫，在當地存放大量僅僅供應急用的零配件和材料；而與周邊地區成功的半導體制造中心模式形成對比，各地"攀比""造芯"，使得剛剛起步、整體規模還很小的產業開始出現分散趨勢。同樣在產業鏈上游設備和材料環節比較薄弱，韓國是以三星這樣的IDM作為中心形成產業聚集，而我國臺灣地區的新竹工業園則是以半導體制造為中心規劃了產業集群。
國內半導體制造業在地域上呈現分散的趨勢，對特殊氣體和化學品材料的運輸和倉儲影響更為嚴重。據了解，為了保證安全生產，國家2005年8月開始實施《劇毒化學品購買和公路運輸許可證件管理辦法》，對危險品運輸的申請進行了嚴格的規定。申請過程中，除了危險品的終用戶(制造商)需要多個工作日在當地公安局辦理劇毒化學品的購買憑證和劇毒化學品準購證以外，(后者是"一證一批"，每次運輸的申請需要5個工作日)，運輸公司從制造商處拿到準購證后，還需要到目的地辦理驗車手續和通行證，然后才能空車返回起始地進行運貨。許多供應商的生產基地和倉庫設在上海，卻要支持和服務北京、天津、成都、山東、廈門等全國不同地區的客戶，運送一瓶氣體的整體費用甚至可以達到氣體價格的數倍。
我國已經成為集成電路消費的的市場，但是其中90%以上的IC還依靠進口，同時，我國用于集成電路制造的設備的國產化能力又不足5%。對于一個技術和設備還主要依靠進口的產業中心，上海地區目前制造業的物流成本超過1 5%，是美國的3倍以上。減少來自物流等方面的"隱形"運作成本，形成高效的海關等政府機構的管理和合作模式，從長遠看，帶動的將不僅是集成電路制造，還會帶動包括與半導體制造配套的上游零部件和原材料的生產，甚至一個龐大的物流產業。